Texas, 1986. Un homme en fuite pour des raisons inconnues (Shea Whigham) assassine un prêtre en route pour sa nouvelle affectation et décide de prendre sa place. Dans la petite ville où il s’installe, il fait la connaissance de la communauté des fidèles et du shérif local (Michael Shannon). Personne ne semble se douter de la supercherie…
En 1979, pour stopper une cellule terroriste palestinienne responsable d’attentats anti-israéliens à travers l’Europe, des agents du Mossad décident de se servir des talents de Charlie (Florence Pugh), une jeune comédienne londonienne.
Rian Johnson (Star Wars episode VIII) s’attaque avec À couteaux tirés au genre du who done it, ou film d’enquête. À la fin de la soirée de ses 85 ans lorsque le romancier Harlan Thrombrey est retrouvé mort les policiers réunissent tous les membres de la famille présents afin de déterminer le coupable.
Dès l’ouverture du film, Curtis LaForche (Michael Shannon) contemple avec crainte des nuages noirs. Tandis que tombe une étrange pluie ocre, un vol d’étourneaux évoque Les Oiseaux d’Hitchcock : le ciel devient très vite menaçant dans le regard de cet homme. Il mène une vie tranquille dans une zone rurale de l’Ohio, un état où se déchaînent régulièrement d’impressionnants cyclones. Les cyclones, voilà justement l’obsession maladive de Curtis. Et de plus en plus fréquemment, sa peur lui cause de violents cauchemars. « Ce n’est pas qu’un rêve, c’est un sentiment », assène-t-il avec croyance. Au cours d’un déjeuner, il annonce à sa famille qu’il va réhabiliter leur abri anti-tempête. Le shelter (refuge) du titre devient le seul espace dans lequel il parvient à se projeter, s’enfermant progressivement dans sa paranoïa…